Vào thời Nhà Nguyễn, các vua Nguyễn truy diệt tất cả những gì liên quan đến nhà Tây Sơn, bởi quân Tây Sơn đã đánh đổ các chúa Nguyễn. Vua Quang Trung bị gán cho là "giặc cướp", "thảo khấu" trong các bộ sử của nhà Nguyễn, những hành vi xấu xa cũng thường bị gán cho ông. Ví dụ, sách Đại Nam thực lục do nhà Nguyễn biên soạn quy tội Nguyễn Huệ đã ra lệnh đào mộ 8 chúa Nguyễn[131]:

“Trước kia giặc Tây Sơn Nguyễn Văn Huệ tham bạo vô lễ, nghe nói chỗ đất phía sau lăng Kim Ngọc (tức lăng Trường Mậu) [lăng của chúa Ninh Nguyễn Phúc Thái] rất tốt, định đem hài cốt vợ táng ở đó. Hôm đào huyệt, bỗng có hai con cọp ở bụi rậm nhảy ra, gầm thét vồ cắn, quân giặc sợ chạy. Huệ ghét, không muốn chôn nữa.Sau Huệ đánh trận hay thua, người ta đều nói các lăng liệt thánh [các chúa Nguyễn] khí tốt nghi ngút, nghiệp đế tất dấy. Huệ bực tức, sai đồ đảng đào các lăng, mở lấy hài cốt quăng xuống vực. Lăng Hoàng Khảo ở Cư Hóa [lăng Cơ Thánh của Nguyễn Phúc Côn, thân sinh Gia Long] Huệ cũng sai Đô đốc Nguyễn Văn Ngũ đào vứt hài cốt xuống vực ở trước lăng. Nhà Ngũ ở xã Kim Long bỗng phát hỏa. Ngũ trông thấy ngọn lửa chạy về. Người xã Cư Hóa là Nguyễn Ngọc Huyên cùng với con là Ngọc Hồ, Ngọc Đoài ban đêm lặn xuống nước lấy vụng hài cốt ấy đem giấu một nơi. Đến nay, Huyên đem việc tâu lên.

"Nguyễn Phúc Tộc thế phả" thì ghi là:

“Theo truyền thuyết, khi Tây Sơn khai quật hài cốt đức Hưng Tổ ném xuống sông thì một hôm Nguyễn Ngọc Huyên bỏ lưới bắt cá, sau ba lần đều thấy cái sọ nằm trong lưới. Huyên cho là sọ của một vị nào anh linh nên kiếm nơi an táng tử tế. Khi vua Gia Long lên ngôi, đi tìm lại hài cốt của thân phụ, nghe người làng tường thuật, ngài cho đòi Ngọc Huyên bảo chỉ chỗ. Khi đào được sọ lên, vua chích huyết ở tay mình cho giọt vào sọ, sọ liền hút những giọt huyết này (lối thử này cho biết mối liên hệ cốt nhục giữa hai người)”

Tuy nhiên, nhiều ý kiến cho rằng việc Quang Trung cho phá lăng tẩm chúa Nguyễn là do sử quan thời Nguyễn cố ý gán ghép, thiếu bằng cứ xác đáng. Đúng là các lăng mộ chúa Nguyễn đã bị phá hủy vào thời kỳ đó, nhưng Phú Xuân vào giai đoạn 1781-1785 từng thuộc sự kiểm soát của quân chúa Trịnh, rồi sau đó lại chiến sự liên miên, có rất nhiều các nhóm thổ phỉ chuyên đào mộ để cướp của, nên chưa thể quy trách nhiệm cho quân Tây Sơn nếu chỉ dựa vào ghi chép của Đại Nam thực lục. Rất có thể các sử quan nhà Nguyễn đã dựa vào một việc có thực (lăng tẩm chúa Nguyễn bị phá) rồi cố ý gán trách nhiệm cho quân Tây Sơn, nhằm bào chữa cho việc Nguyễn Ánh trả thù nhà Tây Sơn tàn khốc sau này, cũng như để hạ uy tín của nhà Tây Sơn trong nhân dân. Luận điểm này được căn cứ bởi 5 chi tiết:

• Ngoài bộ sách Đại Nam thực lục và "Nguyễn Phúc Tộc thế phả" do chính nhà Nguyễn viết, không có bộ sử nào khác của Việt Nam thời đó cũng như không có giáo sỹ phương Tây đương thời nào ghi chép lại việc này, dù đây là 1 sự kiện đủ lớn để gây chấn động cả đất nước. Kể cả cuốn Hoàng Lê nhất thống chí của các học giả Ngô Gia văn phái đương thời (vốn có quan điểm chống Tây Sơn) cũng không ghi lại.
• Ghi chép của Đại Nam thực lục lại không nói rõ việc đào mộ diễn ra vào ngày tháng năm nào, trong khi đây là một sự kiện rất quan trọng với nhà Nguyễn. Điều này cho thấy các sử quan nhà Nguyễn cũng không nắm được lăng các chúa Nguyễn bị phá khi nào, nên càng không có đủ cơ sở để quy tội cho quân Tây Sơn.
• Chính ghi chép của Đại Nam thực lục cũng có nhiều điểm huyền bí, ngày nay xem xét lại một cách khoa học thì rõ ràng là người viết hư cấu. Sách này ghi là quân Tây Sơn đang đào huyệt thì "bỗng có hai con cọp ở bụi rậm nhảy ra", rồi thì "nhà Đô đốc Nguyễn Văn Ngũ bỗng dưng phát hỏa". Các chi tiết này rõ ràng là tình tiết hư cấu thời phong kiến nhằm thể hiện rằng nhà Nguyễn có "thiên mệnh", "trời phù hộ nhà Nguyễn". Sách này cũng cho là "Huệ đánh trận hay thua" nên tức giận mà phá lăng chúa Nguyễn. Đây là luận điểm vô căn cứ, vì Nguyễn Huệ đánh trận luôn chiến thắng Nguyễn Ánh, chưa hề thua một trận nào.
• Ghi chép của Đại Nam thực lục mâu thuẫn với "Nguyễn Phúc Tộc thế phả". Đại Nam thực lục ghi rằng "Nguyễn Ngọc Huyên cùng với các con ban đêm lặn xuống nước lấy vụng hài cốt ấy đem giấu một nơi", nhưng "Nguyễn Phúc Tộc thế phả" lại ghi rằng Nguyễn Ngọc Huyên bỏ lưới bắt cá mới tình cờ vớt được hài cốt. Điều này cho thấy ít nhất 1 trong 2 cuốn sách là hư cấu (thậm chí có thể cả hai đều là hư cấu), các sử quan nhà Nguyễn không hề nắm được chi tiết vụ việc nên mới viết ra các thông tin mâu thuẫn nhau.
• Quân Tây Sơn có kỷ luật nghiêm minh, khi đánh ra Bắc diệt chúa Trịnh, tiến vào thành Thăng Long cũng không hề cướp phá lăng mộ của các vua Lê - chúa Trịnh. Vậy thì cũng không có lý do để quân Tây Sơn phá lăng của các chúa Nguyễn. Nguyễn Huệ là một vị vua khôn ngoan, ông biết rõ nhiều người dân Đàng Trong vẫn nhớ về chúa Nguyễn, nên sẽ không dại dột phá lăng chúa Nguyễn để khiến người dân bất bình.

Tóm lại, việc quân Tây Sơn cho phá lăng tẩm chúa Nguyễn có nhiều khả năng là do sử quan thời Nguyễn hư cấu ra, nhằm bào chữa cho việc Nguyễn Ánh trả thù nhà Tây Sơn tàn khốc sau này, cũng như để hạ uy tín của nhà Tây Sơn trong nhân dân.